El Palacio Municipal actual de Mercedes data de 1909. Se caracteriza por su estilo arquitectónico clasicista simétrico con elementos ornamentales afrancesados,  con balcón central y balaustres laterales. Su interior alberga una importante escalera de mármol blanco que lleva al primer piso, donde sesiona el actual Concejo Deliberante.

La piedra fundamental del  anterior edificio municipal (que se alzaba en el mismo lugar) fue colocada el día de Nuestra Señora de las Mercedes, patrona de la ciudad, el 24 de septiembre de 1867. Aquella obra era de estilo colonial, un cabildo de dos pisos, con amplias galerías altas y bajas en el frente, de dieciocho arcos superpuestos, amplio salón de recepciones en el piso alto, y una torre central rematada en cúpula.

Posteriormente, en 1871 se adosó en su torre un reloj que marcaba la hora oficial.